阿尔宙斯使用自己的神力，消灭了人类的文明，并抹除了人类记忆中关于宝可梦所有的事情。
阿尔宙斯让世界毁灭后又重生，也就是现在的世界。人类开始了没有宝可梦的生活，延续到了近两百年前，大型秘境的封印破除，里面的宝可梦跟着各个不同的碎片秘境回归到地球。
每一次秘境的回归，都会让世界发生一些改变。世界各地的一些遗迹也慢慢地出现。
……
宝可梦天研协会。
“这份世界史，有点太震惊了！”钱博士看完这篇报道后，虎躯一震，前所未有的震撼。
宝可梦研究界。
“天呐！”柳儒柏摇了摇头，“这份报道，实在是……”
宝可梦科学实验室。
江博士、蒋博士、陈博士、戚博士坐在一起，全身都有些乏力的感觉。
“人类在宝可梦的面前，居然这么无力？”
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