原本平静的世界在唤醒了诸多的神兽之后，开始了大乱斗。
超梦还在狂暴阶段，想要把世界毁灭。
当时来阻挡超梦的所有神兽与幻兽，都被超梦无情地摧毁。
有些数量不少的神兽与幻兽，最后还剩下了几只，而数量稀少的神兽与幻兽，最后都绝种了。
其中最具有代表性的，便是盖诺赛克特。
当时的盖诺赛克特，则是人类智慧的结晶。
人类想要利用盖诺赛克特这种人造宝可梦来发动战争，当做战争机器，可在超梦的面前，一切都显得有些徒劳。
在诸多神兽的大肆破坏下，人类的文明渐渐消失，人类的数量也大幅度地削减。
这时，阿尔宙斯从沉睡中苏醒，封印了超梦后，又安抚了其他暴怒的宝可梦，让它们回到各自的空间。
由于人类与宝可梦之间存在着矛盾，阿尔宙斯为了让这份矛盾化解，把所有的宝可梦都封印到了一个大型秘境当中。
可在封印的时候，却恰巧被一些人类混入其中。
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